במוזיאון שני נושאים המשלימים זה את זה: תצוגת ההעפלה ותצוגת חיל הים הישראלי. במבנה הארכיטקטוני משולבת אוניית העפלה מקורית. המוצגים במבנה משמשים מסגרת מחנכת העוסקת בפרשת מאבקו של עם ישראל על זכותו לעלות לארץ ישראל לפני קום המדינה, ובהקמתו, בפועלו ובהתפתחותו של חיל הים הישראלי עד ימינו. המוצג המרכזי במוזיאון הוא אוניית ההעפלה `אף-על-פי-כן`, שהביאה לארץ 434 מעפילים בספטמבר 1947.
התצוגה כוללת שפע של מוצגים מקוריים ומשוחזרים, דגמי אוניות מעפילים ואוניות מלחמה, נשק, מפות, מסמכים, תצלומים, סרטים וערכות אורקוליות המבוססות על תצלומים מקוריים מהתקופה. המוצג המרכזי בתצוגת חיל הים הוא ספינת הטילים אח"י "מבטח", ספינת הטילים הראשונה של חיל הים. ב- 1988 נפתח אגף חדש המתאר את תולדות המאבק וההעפלה ואת מחנות הגירוש בקפריסין. המוזיאון שייך ליחידת המוסיאונים של משרד הביטחון.
6
